Nel 1921 Giuseppe Messina, dopo varie esperienze armatoriali, si trasferisce a Genova ed affida l’attività al primogenito Ignazio che dà vita ai servizi regolari di linea verso il Nord Africa utilizzando navi battenti bandiera italiana. Ottenendo il consenso del mondo mercantile, alla Compagnia viene riconosciuto il Guidone postale per la Libia. Nel 1935 i servizi vengono estesi verso il Mar Rosso, l’Arabia Saudita, l’Africa Orientale e, dopo la seconda guerra mondiale, nonostante la perdita quasi totale della flotta, verso la Tunisia, l’Algeria, il Libano, l’Egitto e l’Africa Occidentale. Dal 1956 i figli di Ignazio Messina, Gianfranco, Giorgio e Paolo entrano in azienda.

Alla fine degli anni ’60, l’attività di armatore tradizionale della Compagnia si trasforma e si specializza nei servizi regolari ro-ro container. Durante la chiusura del Canale di Suez le navi Messina sono le uniche di bandiera italiana a garantire il servizio di linea per l’Africa Orientale e nel 1975 è proprio una nave della linea Messina ad attraversare per prima il riaperto Canale e ad iniziare il servizio per il Mar Rosso ed il Golfo Arabico, successivamente esteso a India, Pakistan e Sudafrica. A fine anni ‘80 approda in azienda la quarta generazione con Andrea Gais, Massimo, Ignazio, Stefano ed Emanuele Messina, garantendo così la continuità della gestione familiare.

Nel 1996, dopo quasi vent’anni a La Spezia, la Compagnia ristabilisce il proprio Terminal all’interno del Porto di Genova (moli Nino Ronco e Canepa). È il primo in Europa ad ottenere la classificazione RINA per sicurezza ed ambiente e l’approvazione del Codice di Sicurezza ISPS.
Nel 2015 la Compagnia completa il totale rinnovamento della flotta (iniziato nel 2009) con le otto unità ro-ro portacontenitori più grandi al mondo, costruite presso i cantieri sudcoreani Daewoo e STX.